在击败长期敌人施奈德并目送其离开纽约后，忍者神龟们的生活发生了巨大变化。由于失去了共同的战斗目标，四兄弟之间的纽带逐渐松动，他们不再像以往那样共同训练和行动。每只神龟都开始追寻自己的兴趣：李奥纳多专注于领导力与战略研究，多纳泰罗沉迷于科技发明，米开朗基罗投身于派对和娱乐事业，而拉斐尔则变得孤僻，常在夜晚独自巡逻。昔日的团队如今已名存实亡，他们成了各自为政的“独行侠”。然而，平静的生活并未持续太久。纽约市突然出现了一系列神秘事件，新的敌人和阴谋逐渐浮出水面，城市再次陷入危险之中。面对这场危机，四分五裂的神龟们意识到，单打独斗无法应对眼前的威胁。他们必须克服彼此间的隔阂与分歧，重新学习团队合作，在导师斯普林特的指引下，找回昔日的兄弟情谊与战斗默契。最终，四只神龟再次团结一致，以经典的团队配合和忍者技艺，共同对抗新的邪恶势力，守护他们深爱的纽约城。