影片讲述忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗琪罗四兄弟，在师父斯普林特（成龙配音）的悉心教导下，于纽约下水道中习得一身好功夫。他们渴望被人类世界接纳，却因外貌而屡屡受挫。在人类记者朋友艾普莉尔·奥尼尔的协助下，四小只开始追查一个神秘的犯罪集团“超级苍蝇”及其头目。然而，随着一系列变种生物的出现，他们发现阴谋远比想象中复杂——超级苍蝇正试图将整个纽约市的生物都变成变种人，建立自己的变种军团。面对前所未有的危机，忍者神龟们必须克服内心的恐惧与分歧，与意想不到的盟友联手。影片以幽默热血的方式展现了少年们的成长，他们用行动证明：真正的英雄不是靠外表，而是靠内心的勇气与正义。最终，四兄弟团结一心，与变种军团展开激烈对决，守护了纽约的和平，也赢得了人类的尊重与接纳。