1926年的纽约，魔法世界与麻鸡世界的矛盾日趋激烈，以玛丽露为首的反魔法组织大肆活动，试图揭露并铲除隐藏的魔法师。就在此时，魔法动物学家纽特·斯卡曼德抵达纽约，他随身携带的魔法皮箱中，饲养着各种珍奇危险的魔法生物。然而，一次意外交换皮箱，让数只神奇动物逃入繁华都市，彻底打乱了纽特的计划。为了追回这些生物，纽特不得不与麻鸡朋友雅各布以及女巫蒂娜结伴同行。从调皮捣蛋的嗅嗅，到性格孤僻的护树罗锅，再到能呼风唤雨的雷鸟，每只神奇动物都带来了意想不到的麻烦。他们穿梭于纽约的大街小巷，既要躲避反魔法组织的追捕，又要应对魔法部高层对事件升级的担忧。随着调查深入，一股隐藏在黑暗中的邪恶力量悄然苏醒，城市的命运悬于一线。纽特必须拼尽全力，用他的善良与勇气守护这些生物，也守护两个世界之间的脆弱和平。